El papel de la ciudad de San Miguel en la gesta independentista centroamericana estuvo determinado por dos vertientes históricas fundamentales: la entrega trágica de los primeros insurrectos y la postura de las autoridades coloniales. Aunque el ayuntamiento local mantuvo inicialmente cautela ante la Corona española, la población oriental gestó importantes focos de resistencia.
Destacan como precursores del movimiento Justo Zaldívar y Valentín Porras, quienes en junio de 1810 organizaron una rebelión armada en San Miguel. Pese al fracaso del alzamiento, su sacrificio marcó el inicio de la lucha emancipadora en la zona oriental, pagando con su vida al ser ejecutados por insurrección. A ellos se sumaron figuras como Mercedes Castro e Ignacio Corona, juzgados en tribunales migueleños por incentivar sublevaciones populares.
Tras la firma del Acta de Independencia el 15 de septiembre de 1821 en Guatemala, las noticias alcanzaron la localidad entre el 23 y 25 del mismo mes, motivando la adhesión del cabildo y sus milicias al movimiento. No obstante, el rumbo migueleño tomó un matiz singular en 1822, cuando sus élites respaldaron la anexión al Imperio Mexicano, generando tensiones y enfrentamientos armados con las fuerzas capitalinas de San Salvador.
